fylogeneze
Plazi jsou sesterskou skupinou savců v širším smyslu slova (Synapsida). Nejprimitivnějšími žijícími plazy jsou s velkou pravděpodobností želvy[1]. Je sice pravda, že z některých studií[zdroj?] vycházejí jako značně odvozené, to ale zřejmě bude artefakt fylogenetických metod[zdroj?]. Rozdělení želv podle způsobu skrývání hlavy na skrytohrdlé (Cryptodira) a skrytohlavé (Pleurodira) je z hlediska požadavku na monofylii snad v pořádku[zdroj?].
Zbylí plazi (Diapsida v užším smyslu; zařazení želv mezi Diapsida je nejisté[zdroj?]) se dělí na dvě velké větve: Archosauria zahrnující krokodýly a dinosaury včetně ptáků a Lepidosauria, kam patří haterie a šupinatí plazi. Šupinatí se dělí na dvě linie, jedna (Iguania) obsahuje agamy, leguány a chameleóny, druhá zbývající ještěry (kteří tedy nejsou přirozenou skupinou), dvouplazy a hady. Nejbližší příbuzní hadů jsou varani a jim příbuzné skupiny.