Vyřazovat soupravy typu 81-71 už po dvaceti letech provozu a vozový park metra obnovovat pouze novými vozy by nebylo pro Prahu finančně únosné a jednalo by se také o zbytečný luxus. Protože některé součásti starých souprav jsou nadále použitelné, konají se modernizace vozů 81-71 na typ 81-71M. Rozsah modernizace není nikterak malý - interiér vozů je úplně nový a také z elektrické výzbroje je velká část plně nahrazena. Karosérie je nově natřena. Změn je u modernizovaných souprav celá řada, pro cestující jsou nejlépe patrné digitální orientace a nová sedadla. Ta byla u modernizovaných vozů původně umísťována pouze příčně. Soupravy se ale snadněji přeplňovaly než u původního řešení s podélným sezením, a tak mají nověji modernizované soupravy částečně sezení příčné a částečné podélné, obdobně jako novější provedení souprav M1. V interiéru souprav 81-71M je oproti původnímu provedení těchto vozů lépe vyřešen systém záchytných madel. V původních vozidlech neexistovala žádná svislá záchytná madla. Bylo možné se chytit pouze madel nad sedadly, která ale byla pro některé lidi příliš vysoko. V prostoru u dveří, kde dobře vznikají návaly, se nedalo chytit vůbec ničeho. Modernizované vozy mají zajímavá madla, vedená od podlahy ke stropu. Ta se rozdvojují a vytvářejí jakousi vidlici, takže se může chytit více lidí. Modernizaci první pětivozové jednotky 81-71 na typ 81-71M provedla Škoda Plzeň ve spolupráci s ČKD Praha. S akcí se začalo už v roce 1996, ale modernizovaný vlak dlouhou dobu nejezdil vůbec a později zasahoval do provozu jen sporadicky - depo Kačerov jej v těchto případech vypravovalo od roku 1998 na trasu C. Po vyřazení z provozu jsou od roku 2000 postupně modernizovanány další soupravy 81-71 na typ 81-71M.
Na trase C jezdily modernizované soupravy od roku 1998 do 3. dubna 2005. Na trase A jsou provozovány od února 2004 a od 25. června 2005 zde tvoří v pravidelném provozu veškerý vozový park (původní vozy 81-71 už jsou pouze záložní).
Z trasy C měly podle původních záměrů zmizet modernizované soupravy už do zahájení provozu nového úseku IV.C1 na Ládví 25. června 2004. Po ukončení provozu vlaků 81-71M na trase C v dubnu 2005 se začalo s přemísťováním souprav do depa Zličín. Odtud budou vyjíždět na trasu B. Modernizace souprav začala po první jednotce kvůli problémům ČKD provádět sama plzeňská Škoda dopravní technika, dnešní Škoda Transportation. Soupravy se do Plzně a po modernizaci zpět do Prahy tahají po tratích ČD č. 170 a 171 přes Beroun. Vlaky při přetahu metra jsou tvořeny lokomotivou ČD, lokomotivou metra, pětivozovou soupravou metra (po modernizaci má na digitálních orientacích nápisy "METRO PRAHA") a vzadu další lokomotivou metra. Dvě soupravy typu 81-71 byly při povodních v srpnu 2002 zaplaveny ve stanici metra Florenc na trase B. Nečekala je ale likvidace - po modernizaci jsou v provozu na trase A. "Ponorky" jsou na paměť povodní označeny modrými vlnkami pod střechou na čelních vozech. Bohužel pro cestující je zatím běžným jevem, že po dodání stojí modernizované vozy nějakou dobu nečinně v depu, protože se čeká, až původní soupravy 81-71 najezdí patřičný počet kilometrů, po kterém musí být modernizovány.