Konfederace nezávislých systémů (CIS)
Vůdce: hrabě Dooku, poté generál Grievous
Centrum: Geonosis, poté Raxus
Členy CIS byly tyto megakorporace a rasy:
Obchodní federace
Trade Federation Droid Army – Ozbrojené síly Obchodní federace.
Techno unie
Techno Union Droid Army – Ozbrojené síly Techno unie.
Komerční gilda
Commerce Guild Punitive Security Forces – Ozbrojené síly Komerční gildy.
InterGalaktický bankovní klan
Collections and Security Division – Ozbrojené síly InterGalaktického bankovního klanu.
Korporační aliance
Corporate Alliance Policy Administration Directorate – Ozbrojené síly Korporační aliance.
Hyperkomunikační kartel
Jabiimští nacionalisté – Frakce lidí z planety Jabiim.
Nationalist Army – Ozbrojené síly Jabiimských nacionalistů. Elitními vojáky pro zvláštní operace jsou Nimbus Commando.
Geonosiané – Hmyzí rasa z planety Geonosis.
Umbarané – Humanoidní rasa z planety Umbara.
Ozbrojené síly CIS se skládají z ozbrojených sil členských megakorporací a ras. Jedná se většinou o droidy, ale lze tam najít i živé bytosti.
Separatist Droid Army – Pozemní armáda. Největší armáda bitevních droidů v dějinách galaxie. Na začátku Klonových válek měla proti Klonové armádě Galaktické republiky stonásobnou přesilu.
Separatist Navy – Vesmírné námořnictvo. Zahrnuje i letecké síly. Známé také jako Confederate Navy.