Kostel byl však při přeměně města v pevnost zbořen a tak jeho podobu je možno  rekonstruovat jen v hrubých rysech : byl postaven na půdoryse kříže s protáhlou hlavní lodí a krátkými bočními rameny. Sakristie přiléhala k levé straně presbytáře a nad ní byla vztyčena věž s bání. Západní průčelí pravděpodobně vrcholilo volutovým štítem. Součástí stavebního komplexu byl i špitál, který byl přisazen k lodi kostela. Chrám byl vybaven hodnotným mobiliářem, především hlavním oltářem z dílny Jana Pavla Cechpauera a Ondřeje Deckera, obraz patrona kostela sv. Antonína namaloval Petr Brandl.

V souvislosti s vnitropolitickým vývojem a válečnými aktivitami Marie Terezie (konflikt s Pruskem) bylo roku 1766 rozhodnuto přestavět město Hradec Králové v pevnost. Záhy nato bylo započato s bořením rozsáhlých předměstí. Obyvatelé Slezského předměstí byli vystěhováni na Nový Hradec, kde jim měl být také na náklady eráru postaven kostel stejného zasvěcení náhradou za Santiniho kostel, který začal být bořen 5.května 1766. Základní rozvržení nového předměstí provedli vojenští stavitelé, kteří vytvořili sídlištní schéma ve tvaru velkého čtverce, jehož osou se stala silnice k Vysokému Mýtu. V místě, kde silnice vybíhala na kopec sv. Jana, byl hradeckým městským stavitelem Františkem Kermerem postaven nový kostel sv. Antonína Poustevníka. Kermer tu projevil schopnost citlivě zasadit novostavbu kostela do urbanisticky nejúčelnějšího místa, které uzavírá prospekt silniční aleje. Plánován byl rovněž špitál přiléhající ke kostelu, ale k jeho realizaci nedošlo. Se stavbou bylo započato v říjnu 1769 a dokončen byl 1774. Při stavbě byl využit materiál ze zbořeného kostela. Kostel byl projektován velmi prostě, nepostrádá však žádné prvky, které jsou pro Kermera typické a objevují se i na jiných stavbách: mohutná supraporta s klenákem nad portálem, kasulová okna, segmentové štíty a věž nad průčelím.

Architektonicky je kostel sv. Antonína pozdně barokní neorientovaná stavba (s kněžištěm na jih), v podélné ose se čtvercovou sakristií. Má představenou obdélnou předsíň, na kterou navazuje konvexními křivkami širší obdélná loď a na ni opět obdobnými křivkami i presbytář. Průčelí kostela je konkávně prohnuté, z každé strany je svíráno tříčtvrtinovým sloupem se dvojicemi pilastrů s toskánskými hlavicemi, vše je na společných soklech, které jsou stejně vysoké jako vstupní portál. Šambrána portálu je členěna klenákem s volutovými uchy. Vysoko nad portálem je zalamovaná římsa, v poli mezi ní a portálem je kartuše s Kristovým monogramem (IHS). V průčelí je prolomeno kasulové okno a nad ním je segmentová římsa. Dvojice pilastrů se sloupy nesou architráv, do jehož vlysu jsou vloženy triglyfy, nad ním je mocně vyložená oblamovaná korunní římsa. Nad ní je trojúhelníkový štít s oválným oknem uprostřed. Na křídlech atiky je na každé straně dvojice váz, za štítem vyrůstá věž završená mohutnou cibulí. V každé stěně věže je okno. Boční lodě kostela člení ve středu předsunuté rizality ohraničené pilastry, nahoře s trojúhelníkovými štíty a v dolní části s portály bočních vchodů. V bočních stěnách jsou prolomena kasulová okna, která zneklidňují klasicizující fasádu. Interiér lodi kostela, na který plynule navazuje presbytář ukončený konchou je vertikálně členěn sdruženými toskánskými pilastry, které nesou úseky zalomeného kládí (tzv. izolovaný pilastr). Završené mohutně vyloženou římsou, na kterou nasedá valená klenba s lunetami, uprostřed členěná štukovým zrcadlovým rámem.

Architekt František Kermer (asi 1710 Žatec 1786 Hradec Králové) patří mezi nejvýznamnější představitele východočeského baroka 2. a 3. čtvrtiny 18. století. Patrně se seznámil s pracemi žateckého stavitele J. A. Gentsche, ale nejvíce ho ovlivnila tvorba Kiliána Ignáce Dientzenhofera (s ním byl patrně i v osobním kontaktu). Některé Kermerovy chrámové stavby byly dokonce považovány za díla Dientzenhoferova (např. kostel v Metličanech z let 1768-75). Kermerova tvorba poznamenala ráz celé řady východočeských měst : Kostelec nad Orlicí (1768-73), Častolovice (1763-75) a Třebechovice pod Orebem (1767-71). Slohovým východiskem těchto staveb je kostel v Červeném Kostelci (z let 1744-54), který je v těchto stavbách obměňován v různé míře. Názory na červenokostelecký chrám se různí, někteří ho považují ještě za Dientzenhoferovo dílo, jiné již za Kermerovo.

Hlavní oltář v kostele provedl hradecký sochař Karel Antonín Devoty: v letech 1773- 76 vznikla tumba a svatostánek (obdobné sochy andělů jsou i v kostele sv. Anny v Kuklenách), v roce 1777 dodal za 150 zl. ještě bohatě řezaný rám s anděly k oltářnímu obrazu. Ten je dílem malíře Josefa Kramolína a vychází volně z kompozice Brandlova obrazu, který se do novostavby nevešel a byl proto umístěn v katedrále Sv. Ducha, kde je dodnes. Bohatě intarzované lavice v presbytáři z počátku 18. století byly součástí barokního interiéru katedrály a na Nový Hradec byly převezeny při regotizaci chrámu po polovině 19.století.

Také o varhanách v tomto kostele je třeba se zmínit. Z pamětní knihy farnosti se dovídáme, že v roce 1912 probíhaly v interiéru kostela rozsáhlé úpravy. Byly postaveny také nové dvou-manuálové pneumatické varhany. Mimo jiné tam čteme: Varhany postavil Antonín Mólzer, varhanář z Kutné Hory. Byly dodány v ceně 5.380,- K. Staré varhany byly spáleny. Původně byly předloženy dva plány. Jeden renesanční a druhý barokní, který byl přijat a Biskupskou konzistoří schválen. Když byl dolní i horní kůr upraven, přivezl mistr varhanářský dne 24.6.1912 varhany a postavil je během jednoho měsíce. Byly natřeny na zeleno a proto musely být ještě přetřeny bílou barvou jako ostatní stěny. Opravený kostel i varhany posvětil kanovník a kancléř P. František Kerner ve výroční den posvěcení chrámu, dne 20.10.1912. V sedmdesátých letech 20. století již varhany nehrály a zpěv při mši svaté byl doprovázen hrou na harmonium. Karel Synek společně s Václavem Uhlířem (dnešním diecézním organologem) je v roce 1979 rozebrali a v kostele z nich zůstala pouze přední část varhanní skříně. Měli v úmyslu postavit nové mechanické varhany. Vlivem různých okolností, zvláště ekonomických, nebyl tento záměr realizován. Proto z kostela v Nebeské Rybné společně převezli do kostela v Novém Hradci Králové varhanní vzdušnici, kterou Karel Synek umístil do stávající varhanní skříně, osadil jí píšťalami a doplnil jedním pedálovým rejstříkem a jednoduchým hracím stolem. Toto varhanní provizorium sloužilo v kostele až do května 2001.

Zcela zásadní událostí bylo navázání kontaktu se státním podnikem Lesy České republiky a jejím generálním ředitelem ing. Jiřím Olivou. Stalo se tak dopisem ze dne 30.3.1999. Společné jednání vedlo k tomu, že dne 15.6.2000 byla podepsána darovací smlouva, ve které se Lesy ČR, s.p. zavazují, že darují pro výlučný účel - rekonstrukce varhan v kostele sv. Antonína v Novém Hradci Králové - částku 2.000.000.- Kč. Stalo se tak na doporučení Ministerstva kultury ČR.

Na společném jednání dne 7.7.1999, kterého se zúčastnil také zdejší varhaník Martin Strejc a diecézní organolog Václav Uhlíř bylo rozhodnuto vypsat výběrové řízení pro získání vhodné varhanářské firmy. Bylo osloveno osm firem a po prostudování jejich finančních, časových a technických nabídek a po konzultaci se sponzorem byla vybrána varhanářská dílna Kánský - Brachtl z Krnova, se kterou byla dne 21.6.2000 podepsána smlouva o dílo na stavbu nových varhan. Dne 15.10.2001 se ve výše zmíněné varhanářské dílně v Krnově uskutečnil poslední kontrolní den a dnes máme možnost vidět i slyšet dokončené dílo - nové varhany. Je to významný okamžik v dějinách kostela, farnosti i celého Hradce Králové.

Podrobnější informace o kostelu je možno najít na:

http://www.antonin.cz/