Návod je psán na obtížnost normal (Solid normal), takže při vyšší obtížnosti nemusí vše úplně odpovídat, ale v podstatě by taktika měla odpovídat.
1. Laughting Octopus
Obtížnost: 7/10
První opravdový boss ve hře. Laughting Octopus bude v boji spoléhat na stejnou technologii, na které je vyroben i Snakův oblek OctoCamo, to znamená že bude neustále měnit svůj tvar a barvu, aby tak nejlépe splynula s prostředím. Z tohoto důvodu se mějte neustále na pozoru a všímejte si pečlivě všech změn ve vašem okolí. Některé její proměny se dají odhalit snadno za pomoci Solid Eye (Night Vision Mode) nebo radaru. Některé vás snad trknou sami jako např. ležící a zraněná Naomi či robůtek MK II , který se vás bude snažit nalákat do vedlejší místnosti. Nejdříve se zbavte všech jednotek Frogs, teprve pak začne souboj s Laughting Octopus. Nejzranitelnější jsou její chapadla, takže se zaměřte na ně. Nejvíce jí ubírá brokovnice M870 a automatické zbraně jako M4 nebo HK21E. Až ji zasáhnete, budete mít její hledání usnadněno tím, že bude ze svých chapadel krvácet, takže můžete sledovat její stopu. Snažte se držet dál od jejich chapadel, jejihž zásah opravdu bolí. Dejte si také pozor na malé letájící miny, která na vás občas pošle (když se na vás přisají, zbavíte se jich skokem). Má poměrně tuhý kořínek a ze začátku jí moc ubírat nebudete. Až Laughting Octopus porazíte, spadne z ní její brnění a zjeví se vám ve své lidské podobě s cílem zadusit vás. Ustupujte dozadu a při tom jí střílejte na nohy. Její konec by měl být neodvratný.
2. Raging Raven
Obtížnost: 8/10
Další poměrně dlouhý, ale ne příliš obtížný boss. Narozdíl od souboje s Laughting Octopus zde máte daleko větší bojiště, čehož můžete využít. Věž je rozdělena na několik pater, která jsou dost úzká a jejich stěny snadno zničitelné. Má však dvě bezpečná místa kde vás nemohou zasáhnout a můžete je tak využít na zotavení: v nejnišším patře pod schody a nejvyšším patře v průlezu na střechu. Není zrovna rozumné bojovat jen na jednom místě, ale naopak střídat místa a Ravena tak překvapit. Při honičce na motorce máte možnost Ravena zasáhnout, jeho zranění se tak převede i do souboje. Při boji maximalizujte svoji kamufláž za pomoci OctaCamo a obličejové masky, kterou Snake získal od Laughting Octopus, Ravenovi tak bude chvíli trvat než vás objeví. Raven má k dispozici několik bezpilotních kluzáků, které sice můžete bez problému sestřelit, ale po čase se znovu objeví. Raven je velmi pohyblivý a rychlí a navíc zásah jeho granátometem způsobuje oheň( pokud hoříte, několikrát skočte, tím se uhasíte). Také zde vám velmi usnadní boj Solid Eye. Snažte se mířit Ravenovi na hlavu a přitom se vyhýbat jeho útokům. Nejvíc vám asi pomůže HK21E, protože má největší zásobník, ale míří se s ní trochu hůř. Občas Raven odletí a přistane v dáli na střeše, aby se uzdravil, v tom připadě si přepněte Solid Eye na Night Vision Mode, vemte si RPG-7 a snažte se ho zasáhnout. Tím mu způsobíte největší zranění. Ale i přesto to bude ještě dlouhý boj. Stejně jako u Laughting Octopus i tady musíte zabít ještě i lidskou podobu Raging Raven.
3. Crying Wolf
Obtížnost: 7/10
Při správně zvolené taktice se nemusíte ničeho bát. Souboj se odehrává v lokaci fanouškům série dobře známe, kde Snake v MGS 1 bojoval se Sniper Wolf. Je to největší aréna pro boj s bossem v celé hře a stejně jako v předchozím souboji i tady je několik relativně bezpečných míst: pod nákladním autem, který je hned napravo a na dvou plošinách ve středu lokace, kam se dostanete po schodech. Ihned na začátku si vlezte pod nákladní auto a vemte si odstřelovací pušku, nejlépe se hodí SVD, DSR-1 nebo M14EBR. Přepněte na noční vidění, aby jste viděli v sněhové bouři přicházející jednotky Frogs, vždy si vyberte jeden cíl, zamiřte a palte. Takto zlikvidujete většinu Frogs. Je lepší je zneškodnit všechny, aby jste pak měli klid na boj s Crying Wolf, i když může přivolat další, pokud se boj protáhne. Teprve pak se můžete vydat hledat Crying Wolf. Její brnění je vyrobeno z materiálu, který zabraňuje úniku tepla, takže můžete vidět pouze malou část jejího těla. Skutečný boj tedy spočívá v tom ji najít. Dá se to tedy pojmout jako souboj odstřelovačů, rozdíl je pouze v tom, že váš nepřítel je mnohem větší a má silnější zbraň. Může na vás útočit i z velké dálky svým Rail Gunem a právě to je skvělá příležitost k útoku, neboť otevře své brnění a odhalí tak své tělo. Někdy se z ničeho nic objeví a skočí na vás, v tom případě i v leže na ní palte. S dostatečnou trpělivostí a dobrými sniperskými schopnostmi nebude Crying Wolf větší problém. Po poražení Crying Wolf se ještě vypořádejte s její lidskou podobou.
4.Vamp
Obtížnost: 9/10
Podle některých nejtěžší boss ve hře. U Vampa je nejtěžší přijít na to jak ho zabít, než jak to udělat. Vamp má oproti Snakovi výhodu ve své rychlosti a hbytosti. Bude neustále skákat na trosky okolo a tím vám ztíží zaměřování. Používejte pouze plně automatické zbraně, nejlépe se zde hodí M4. Střílejte mu na hlavu a vždy když skočí dolů a poběží směrem k vám ustupujte směrem dozadu a neustále na něj střílejte, i když bude uskakovat do stran měli by jste ho zasáhnout a on skočí zpět na trosky. Po celou dobu na vás bude vrhat své nože, kterým je opravdu těžké se vyhnout, ale i tak to zkoušejte úskokem do stran. Až mu dojde zdraví, Vamp padne, ale asi po pěti vteřinách se zvedne, zregeneruje si své zdraví a bude bojovat dál. Zdá se, že je opravdu nesmrtelný! Opakujte znovu celý postup a znovu ho poražte. Opět vstane! Zavolejte tedy Otacanovi a po několika rozhovorech se dozvíte, že nanostroje ve Vampově těle způsobují urychlené hojení ran, to tedy znamená, že mu musíte píchnout Syringe. Znovu opakujte celý proces a až padne potřetí okamžitě zandejte zbraň a v Itemu si vezměte Syringe do ruky, běžte k němu a držte R1, počkejte až vstane, chytněte ho CQC technikou a za pomoci R1+Trojúhelníku, mu píchněte Syringe. Tím souboj končí. Kdyby se vám to nepodařilo, tak ho můžete chytnout kdykoli během boje, ale je tu velké nebezpečí, že by vám mohl pořádně ublížit.
5. Metal Gear Ray
Obtížnost: 6/10
Následuje souboj, který je jednoduchý a velmi zábavný. Na první pohled to sice moc nevypadá, starý a poničený Metal Gear Rex, řízený Snakem, proti modernímu Metal Gear Rayi, řízenému Liquid Ocelotem. Metal Gear Rex je sice starší typ, ale má oproti Rayi výhodu ve svém téměř nezničitelném povrchu a své váze. Můžete také měnit své zbraně, máte k dispozici Gatling Gun, naváděcí střely a zadní laser. Všechny tři zbraně se však přehřívají, takže je můžete používat pouze omezenou dobu, a pak chvíli počkat než se schladí. Takže palte až si budete opravdu jisti, že něco zasáhnete. Doporučuji přepínat mezi laserem a raketami, protože Gatling Gun není píliš účinný. Vyhýbejte se Rayovým útokům a nebojte se zajít si i pro boj zblízka. V tomto boji žádný problém nehledejte.
6. Screaming Mantis
Obtížnost: 8/10
Tento souboj je skutečná lahůdka. K poražení Screaming Mantis budete muset použít opravdu netradičních metod. Boj se odehrává v řídícím centru Outer heaven, kde není moc možností jak se skrýt. Nejdříve se vypořádejte s jednotkami Frogs, teprve pak přijde na řadu Screaming Mantis. Na začátku použijte Syringe, aby jste se zbavili její psychické kontroli a vždy když se dostanete pod její kontrolu (poznáte to podle strun, které se objeví nad Snakem a jenž symbolizují že jste Screaming Mantisova loutka) ji použijte znova, jinak nic netrefíte. Screaming Mantis používá ke svým útokům dvě loutkové panenky, Sorrow Doll pro ovládání mrtvých ,,loutek,, (mrtvé členky Frogs) a Mantis Doll pro ovládání živých (Meryl). Meryl a členky Frogs tak budou pod kontrolou Screaming Mantis a on je bude používat jako štít, pokud omylem zabijete Meryl, hra skončí. Musíte je proto vyřadit z boje. Běžte k některé z nejbližších Frogs, chytněte ji a švihněte s ní o zem, pokud prasknou struny, tak je vše v pořádku a vy můžete běžet k další. Meryl si nechte na konec a zneškodněte ji šetrně. Pak se zaměřte na Screaming Mantis a za pomoci zbraní schopných se zaměřit na malé cíle( klidně postačí i M4), střílejte na její loutky. Po chvíli znovu ovládne Meryl a ta se bude chtít zastřelit, okamžitě k ní běžte a zabraňte jí v tom. Pořád střílejte na její loutky, dokud jí je nesestřelíte, když jí nějakou sestřelíte, okamžitě si ji vemte. Musíte jí sestřelit obě loutky, ale i potom bude útočit svými noži. V Itemu si vemte lotku Mantis Doll, dejte si jí jako zbraň a snažte se dostat Screaming Mantis pod kontrolu, až se tak stane, tak jí pomocí ovládače Sixaxisu poražte. Poražte i její lidskou podobu a vychutnejte si i následující vtipnou scénku s Psycho Mantisem.
7. Liquid Ocelot
Obtížnost: 8/10
Poslední boss ve hře. Poslední boss v celé sérii a poslední boj Solid Snakea. Zde už si nemusíte lámat hlavu s tím, jaké zbraně nebo taktiku zvolit. Souboj je rozdělen na čtyři části, z nichž každá představuje jeden díl MGS série:
1.část: Pamětníci prvního souboje Solida a Liquida budou jako doma. Platí zde totiž totéž, snažit se zasáhnout Liquida všemi údery svého komba a vyhýbat se jeho úderům. Můžete před jeho údery uhýbat, uskakovat a skrčovat se. Velmi účinné jsou sadistické chvaty pomocí L1 a trojúhelníku, je jich zde opravdu velké množství. Ve všech částech souboje si můžete doplňovat život trojúhelníkem vždy, když Liquid hecuje Snakea, bohužel tím doplňujete život i jemu. Až Liquidovi klesne život pod 50%, boj se přesune do druhé části.
2.část: Zde si dejte pozor především na drtivý úder Liquidovi pěsti, který opravdu bolí. Hlavní je vyhnout se jeho pěsti. Při základních kombech si Liquid se Snakem často dají navzájem pěst, takže na to nezapomeňte. Až mu klesne život pod 25%, boj se přesune do další části.
3.část: Teď se boj trochu zrychlí. Liquid začne používat CQC, uhýbat a vykrývat vaše útoky. Už je to v podstatě jen o rychlosti prstů a kreativitě, co na něj vymyslíte. Po chvíli padnou oba večerpáni k zemi, ale nakonec se oba ještě naposled zvednou.
4.část: Tady už na výběr není. Ukazatel vašeho zdraví zmizel a vám už nic jiného nezbývá, než jít dopředu a umlátit Liquida.
A tak spolu s Liquidem odchází i jedna legenda. Snake ať odpočívá v pokoji, zaslouží si ho! Gratuluji vám a nyní si už jen užijte tradičně dlouhý závěr. Vydržte až do konce, je na co se dívat.
Leon