Začátek pilotního dvoudílu Stargate SG-1 s názvem Děti bohů (Children of the Gods) se odehrává rok po první misi na Abydos. Plukovník Johnatan "Jack" O'Neill, který po návratu z Abydosu odešel do výslužby, je opět povolán do aktivní služby poté, co hvězdnou bránou pronikne do velitelství stargate (SGC) skupina Jaffů vedená příslušníkem parazitické rasy Goa'uldů Apophisem. Ti napadnou ostrahu střežící bránu, unesou jednu ženu a ostatní členy ostrahy pobijí. Poté, co je O'Neill nucen prozradit, že dr. Jackson žije, je vyslán na Abydos, aby ho přivedl zpět. Tam se od Jacksona dovídá, že existují tisíce bran po celé galaxii.
Během O'Neillovy mise je Abydos napaden Apophisem, který projde bránou a unese Jacksonovu ženu Sha're (ve filmu se jmenovala Sha'uri) a jejího bratra Skaaru na Chulak, planetu Jaffů. O'Neill se se svými lidmi vydává na Chulak, aby je osvobodili. Zde však padnou do rukou Apophise. Nakonec se jim za pomoci Jaffy Teal'ca podaří uprchnout. Pro Sha're a Skaaru je však pozdě. Sha're se stala hostitelkou Apophisovy královny Amaunet a Skaara hostitelem Apophisova syna Klorela. Apophis společně se Sha're/Amaunet a Skaarou/Klorelem odcházejí bránou neznámo kam. O'Neill se se svými lidmi vrací na Zemi.
Je rozhodnuto, že bude zformováno devět SG týmů (jejich počet v průběhu seriálu postupně narůstá), které budou mít za úkol prozkoumávat nové světy. Členy prvního SG týmu - SG-1 tvoří plukovník Jonathan "Jack" O'Neill (Richard Dean Anderson nahradil Kurta Russella, který tuto postavu ztělesnil ve filmovém zpracování), kapitán resp. major Samantha Carterová (Amanda Tapping), dr. Daniel Jackson (Michael Garrett Shanks nahradil Jamese Spadera) a mimozemšťan z rasy Jaffů Teal'c (Christopher Judge). Celý program Stargate je přísně tajný. O jeho existenci ví pouze prezident a Sbor náčelníků štábů (to se v průběhu seriálu také změní). Velitelství hvězdné brány (SGC) je umístěno hluboko pod zemí v dolních patrech objektu v hoře Cheyenne v Coloradu. V horních patrech tohoto zařízení se nachází NORAD. Šéfem Velitelství hvězdné brány (SGC) je generálmajor [oslovovaný jako generál] George Hammond (Don S. Davis), který nahradil generála Westa (byl velitelem ve filmu Stargate).
Seriál nás postupně vtahuje do světa, kde existuje mnoho hvězdných bran rozesetých po celé galaxii i mimo ni. Do světa, kde spolu soupeří lidé a parazitická rasa Goa'uldů, která ke své existenci potřebuje tělo hostitele. Mnohé planety galaxie jsou osídleny potomky starověkých národů pocházejících ze Země, které Goa'uldi odvedli s sebou na jiné planety jako potenciální hostitele a otroky. Setkáváme se ovšem i s mimozemskými národy na různém stupni vývoje, až na výjimky humanoidními. Postupně jsme seznamováni se složitou hierarchií Goa'uldů. Na jedné straně stojí Vládci Soustavy a na druhé odboj proti těmto Vládcům, který tvoří Tok'rové. Tok'rové jsou vlastně také Goa'uldi, kteří se však kvůli odlišnému názoru na získávání hostitelů s Goa'uldy rozešli zhruba před 2000 lety. SG týmy se při svých cestách hvězdnými branami seznámí s Tok'ry a vznikne mezi nimi spojenectví proti Goa'uldům. Kromě Tok'rů kdysi existovala i aliance vyspělých mimozemských ras, kterou tvořili Asgardové, Noxové, Furlingové a Antikové, stavitelé bran. SG týmy na svých cestách shromažďují informace o navštívených planetách a jejich obyvatelích, snaží se získat nové technologie a také spojence, kteří by jim pomohli v boji proti Goa'uldům.