V nindžovskom svete má každý nindža svoju hodnosť. Tým sa posudzuje aký je silný, kvalitný a koľko má skúseností. Podľa hodností sa nindžom tiež prideľujú misie.
- Študent vo výcviku
Študent vo výcviku ešte nie je oficiálne uznávaným nindžom. Zatiaľ sa len trénuje a učí základné veci pre plnenie misií a ochraňovanie dediny. Tiež sa môže naučiť nejaké základné techinky. V Listovej dedine bola postavená aj nindžovská akadémia. V takejto škole sa učia všetky prípravy na to, byť nindžom. Aj teoreticky, aj v praxi. V akadémii študentov najčastejšie učí nindža s hodnosťou „čúnin“.
- Genin
Keď študent vo výcviku zloží skúšku, stane sa geninom – nindžom začiatočníkom. Takýto nindža sa pridelí k trojčlennému tímu geninov, ktorému velí najčastejšie jeden „džónin“. Takže v jednom tíme sú traja geninovia a jeden veľitel, džónin. Takéto tímy najčastejšie dostávajú misie typu D, výnimočne C, čo sú najjednoduchšie misie. Na tejto úrovni sa nachádza aj hlavný hrdina Naruto.
- Čúnin
Pre získanie tejto úrovne musí genin zložiť veľmi zložitú skúšku, „Čúnin exam“. Nindža úrovne čúnin sa môže stať napríklad učiteľom neskúsenejších (študentov), alebo môže byť povelený na velenie menším skupinkám. Čúninovia obyčajne dostávajú misie typu C, výnimočne B. V misiách typu B sa často už vyskytujú aj tažšie súboje. Takýto nindža má možnosť nosiť špeciálnu vestu s celým základným príslušenstvom nindžu.
- Džónin
- Špeciálny džónin
Džóninom sa môžu stať len nindžovia so schopnosťou ovládať dva elementárne druhy techník. To môžu zistiť čiastočne pomocou špeciálnych lístkov. Takíto nindžovia bývajú povelení na velenie tímov, napríklad tímu troch geninov. Samostatne, alebo v tíme s inými džóninmi, dostávajú misie typu B a typu A, čo sú misie na veľmi vysokej úrovni. Extrémne dobrý džónin alebo v krízovej situácii, môže dostať aj misiu typu S, čo je úplne najťažšia.
Špeciálny džónin je niekto, kto je síce džóninom, ale špecializuje sa na nejaký jeden obor, napríklad „taidžucu“.
- Kage
Kage (slovensky.: tieň) je veliteľ celej nindža dediny a väčšinou je práve aj najsilnejší nindža zo všetkých. Nindžou úrovne Kage môže byť v jednej dedine aj viac (v prípade že Kage, ktorý je práve "vo funkcii", prenechá svoje postavenie niekomu inému), ale len jeden môže byť naraz vo funkcii. Kageho úlohou je kontrolovať celú dedinu a prideľovať misie. Toto oslovenie pre svojho vodcu môže používať len päť najsilnejších dedín. Každá má pri tom špecificky prispôsobenú predponu názvu. Listová dedina má predponu ho, teda Kage z tej dediny je nazývaný Hokage. Hmlistá dedina: Mizukage, Piesočná dedina: Kazekage, Blesková dedina: Raikage. Existuju aj iní kage, napr: Hošikage, ale ten nie je oficiálny.