Děj Vampire Knight se odehrává na Cross Academy, která se pyšní jednou zajímavostí: noční třídou plné krásných a charismatických mladých lidí. Jen málo zasvěcených ví, že se pod bílou školní uniformou skrývají upíři. Chránit toto tajemství je důležitým úkolem prefektů Yuki a Zera…
Yuki Cross je adoptivní dcera ředitele školy. Její život začal teprve před deseti lety, kdy na ni uprostřed sněhové vánice zaútočil krvežíznivý upír.
Živá vyvázla jenom díky pohotovému mladíkovi jménem Kaname, který ji zachránil a našel jí nový domov. Na to, co bylo předtím, si Yuki nepamatuje.
Dnes je z ní patnáctiletá dívka, která má starostí až nad hlavu. Společně se svým kamarádem Zerem úspěšně brání noční třídu před “útoky“ jejich oddaných faninek z řad studentek denní třídy. Kromě toho všeho se Yuki beznadějně zamilovala právě do Kanameho, který zaujímá důležité postavení nejen mezi nočními studenty, ale v upírské komunitě všeobecně.
Už to vypadá, že se vše bude točit kolem růžovějící Yuki, vřeštícího davů dívek, krásných úsměvů upírů a otrávených pohledů Zera.
Vše se ovšem změní a je to právě Zero, jehož chování zadá ději zcela odlišný směr. Ani jeho silná vůle nedokáže dlouho vzdorovat prokletí, které si odnesl po útoku upíra na jeho rodinu....
Tímto započíná celý děj tohoto příběhu, který se opravdu velmi důmyslně zaplétá a zároveň vycházejí najevo nové a čím dál zajímavější věci. Mezi tím vším probíhají boje, aby se držela rovnováha mezi těmito dvěmi odlišnými světy s upíry, kteří jsou jiného názoru než jen přátelství a soužití s lidmi.
Tento velmi zvláštní příběh spjatý s vampyrismem, dokázal během několika dílů svou propracovaností děje uchvátit mnoho lidí, nejvíce však dívek.
To protože je to anime zakládající se i na milostném příběhu.