Citadela
Citadela Machu Picchu byla postavena kolem roku 1450 na horském sedle mezi horami na území říše Inků. Přibližně o sto let později v roce 1572, byla náhle opuštěna, tedy v době, kdy Španělé kolonizovali Jižní Ameriku. Je však možné, že většina obyvatel zemřela na neštovice dříve, než do této oblasti přišli španělští dobyvatelé. Zdá se, že Španělé věděli o místě zvaném Piccho přestože nejsou žádně záznamy, že by Španělé navštívili toto vzdálené město. Dobyvatelé ničili obětní kameny v jiných oblastech, ale na Machu Picchu zůstaly nedotčené, což nasvědčuje, že město Španělé nikdy nenavštívili.
Dodnes nikdo přesně neví, k čemu Machu Picchu přesně sloužilo, jelikož z období předkolumbovských výprav neexistují písemné záznamy od místních obyvatel, kteří nepoužívali písmo ve smyslů písma známého na starém kontinentě. Inkové sice byli schopni zaznamenávat informace pomocí kipu, ale v současnosti se vedou spory o to, jestli se jím dalo psát či bylo používáno pouze pro početní operace. Jedna z prvních teorií o významu citadely, od amerického historika a archeologa Hirama Binghama, který na počátku 20. století Machu Picchu náhodou objevil říká, že se jednalo o posvátné místo zrození posvátných inckých žen zvaných „Sluneční panny“. Výzkum vedený odborníky jako byli John Rowe a Richar Burger přesvědčil většinu archeologů, že Machu Picchu bylo sídlem vládce Inků Pachacuti. Kromě toho předložil Johan Reinhard důkazy, že místo bylo vybráno pro svou pozici ve vztahu k posvátným prvkům krajiny, jako jsou hory, které jsou údajně v harmonii s klíčovými astronomickými událostmi, které byly pro Inky významné. Další teorie říká, že Machu Picchu bylo „llaqta“ Inků, osada postavená na kontrolu hospodářství těchto podmaněných oblastí. Podle jiné teorie mohlo být Machu Picchu postaveno jako vězení pro ty, kteří spáchali činy protivící se tehdejší společnosti Inků. Další teorie tvrdí, že se jednalo o zkušební zemědělskou stanici, kde se testovaly různé druhy plodin v různých druzích mikroklimat – v různých místech a na různých terasách, protože zde nebyl dostatek prostoru na pěstování plodin ve velkém měřítku, ale dostatek prostoru na určení toho, co by mohlo kde růst.