Seriál STARGATE ATLANTIS je volným pokračováním seriálu STARGATE SG-1. Děj se odvíjí od posledního dílu sedmé série Lost City (Ztracené Město). První díl měl v USA premiéru 16.července 2004. Jako to je i u STARGATE SG-1, nový seriál natáčí také MGM (Metro Goldwyn Mayer) ve spolupráci s americkou televizí SCI-FI CHANNEL.
Zajímavostí je, že v tomto nové seriálu nebudou hrát postavy z seriálu STARGATE SG-1, ale budou tu noví herci, postavy, planety a vše. V seriálu uvidíme akorát O'Neilla a Daniela v prvních dílech, a v 18. díle i Carterovou. První epizoda s názvem "Rising" (Povstání) je jednou ze dvou částí. V pilotní dvoj části se seznámíme se ztraceným městem Atlantis, s městem Athos (na jiné planetě v Galaxii Pegasus) a s novými mimozemskými civilizacemi.
Příběh Nového seriálu je takovýto. Potom, co Jack O'Neill pomocí vědomostí Antiků zjistí polohu jejich základny na Zemi, dostali se k novým informacím o Ztraceném městě. To se nachází daleko v Galaxii Pegasus. Proto americká vláda sestavila nový tým, aby se vydal na cestu do vzdálené galaxie a tak získal potřebné technologie na boj proti nepřátelům Země. A tak se nový "Atlantis tým" vedený doktorkou Elizabeth Weirovou vydává do této galaxie. Jako se předpokládalo, tak se našlo Ztracené Město a v něm nové technologie.
Atlantis tým se však střetává i s novými nepřáteli zvanými Wraithové. To před mnoha lety porazili Antiky a tak jsou pro Zemi velké nebezpečí. Je to druh založený na formě úlu (něco jako včely, mravenci), teda nejí královnu. Tělo mají pokryté bledou kůží a mají tmavě-černé oči. Vyvinuli se kdysi z života-vysávajícího hmyzu, ale zkřížili se z lidmi a vznikli z toho oni. Vyznačují se schopností regenerace. Živí se životem bytostí a proto si udržují stovky světů plných bytostí, které používají jako jídlo. Prostě si tam přiletí lodí a... sklízí. Nový tým se tedy pokouší získat nové technologie, aby porazili tohoto strašného nepřítele.
Hvězdné Brány v galaxii Pegasus mají modré Chevrony a samozřejmě i nové symboly (souhvězdí z galaxie Pegasus). Ztracené Město je chráněné výkonným štítem, který ho chrání před útokem nepřátel (město samozřejmě disponuje i vlastní bránou). Symboly na bráně také rotují jako na pozemské bráně, avšak o mnoho rychleji. Brána má také ochranný štít - něco jako IRIS na Zemi - je to energetické pole.
V novém seriálu na nás čekají mnohé technické noviny jako například už zmíněné modré Chevrony na bráně, nové lodě designově navrhnuté tak, aby mohli cestovat i skrz hvězdnou bránu a mnohé další zbraně a kopec dalších nových technologií.