Na Antarktidě byla objevena antická základna a Daniel Jackson zjišťuje, že ztracené město Antiků - Atlantida - se nachází v galaxii Pegasus a je tedy potřeba na bráně zadat osm symbolů. Proto je sestavena expedice v čele s dr. Elizabeth Weirovou (bývalou velitelkou SGC), která má za úkol se do města vydat a prozkoumat jej. Jenže zdroj energie v ZPM vystačí jen na jedno otevření červí díry, proto nemusí být návratu zpět na Zemi...
Expedice se na Atlantidě dovídá spoustu nových a zajímavých informací a musí čelit novému nepříteli, tzv. Wraithům. Tato rasa vysává z lidí životní sílu, kterou Wraithi potřebují, aby přežili. Nás může těšit, že se v seriálu pravidelně objevuje i Čech a je jím David Nykl v roli dr. Radka Zelenky. Ten je znám především svými českými hláškami.
Hvězdná brána: Atlantida se začala vysílat 16. července 2004 na kabelové televizi Sci-Fi Channel vedle osmé sezóny Hvězdné brány. Souběžně se diváci mohli dívat na 3 série SG-1 a SGA, po ukončení SG-1 se vysílaly jen nové díly Atlantis. V srpnu 2008 bylo rozhodnuto, že se seriál ukončí po odvysílání páté sezóny.