Archeologické nálezy ukazují, že Japonsko bylo osídleno ranými humanoidy přibližně před 500 tisíci lety v průběhu starší doby kamenné. V opakujících se ledových dobách, které probíhaly v posledním 1 milionu let, bylo Japonsko pravidelně spojováno s asijskýmkontinentem pevninskými mosty (přes Sachalin na severu a pravděpodobně přes Kjúšú na jihu), čímž byla umožněna migrace lidí, zvířat a rostlin z oblastí dnešní Číny a Koreje na japonské ostrovy.S koncem poslední doby ledové a globálním oteplením se na přelomu střední a mladší doby kamenné – kolem roku 11 tisíc před naším letopočtem – objevila kultura Džómon (Jomon), která byla charakteristická polo-kočovnou společností lovců a sběračů a výrobou nejstarší známé keramiky na světě. Předpokládá se, že příslušníci kultury Džómon jsou předchůdci prvních Japonců a dnešního národa Ainu.Začátek období Jajoi kolem roku 300 př. n. l. je spojený s příchodem nových technik z asijského kontinentu, jako je pěstování rýže, stejně jako s masivní migrací z nejrůznějších částí Asie – z Korey a Číny), především pak z oblastí Pekingu a Šanghaje, a z jihu po moři. Nicméně několik současných studií ukazuje, že období Jajoi je o 5 až 6 století delší, než se původně předpokládalo, neboť masivní migrace je nutná k vysvětlení razantního vzrůstu populace. Ze 3. století před naším letopočtem pochází první historicky doložitelný název Japonska, čínský znak 倭 Wa.
Tradiční Japonsko
Podle tradiční japonské mytologie bylo Japonsko založeno v 7. století původním císařem Jimmu. Během 5. a 6. století byly zavedeny čínské písmo a buddhismus spolu s ostatními aspekty čínské kultury nejprve prostřednictvím Korejského poloostrova a později přímo z Číny. Císařové byli formálními vládci, nicméně skutečná moc byla obvykle v rukou mocné dvorské šlechty, regentů nebo šógunů (vojenských správců).Původní politická struktura zajišťovala, že když byla válka mezi rivaly skončena, vítězný šógun se přesunul do hlavního města Heian (plný název je Heiankjóto, 'kjóto', což znamená hlavní město a plný název je zkrácen jen na příponu, dnešní Kjóto), kde z milosti císaře (s jeho formálním souhlasem) vládl. V roce 1185 generál Minamoto no Joritomo jako první porušil tuto tradici, odmítl se přesunout a následně vládl z Kamakury na jih od dnešní Jokohamy. Šógunát Kamakura byl poměrně stabilní, nicméně Japonsko poměrně záhy upadlo do sporů mezi jednotlivými frakcemi a následné období je známo jako období Sengoku neboli "období válčících států". V roce 1600 v bitvě u Sekigahary šógun Tokugawa Iejasu buď porazil nebo přijal za spojence všechny své nepřátele a zformoval šógunát Tokugawa v malé rybářské vesničce Edo (původně přepisováno též jako "Jeddo"), která je dnes známá jako Tokio (východní hlavní město).Od druhé poloviny 16. století přijížděli do Japonska obchodníci a křesťanští misionáři z Portugalska, Španělska, Nizozemí a Anglie. V první polovině 17. století podezříval japonský šógunát katolické misionáře, že jsou předvojem ozbrojené iberské invaze a okamžitě zakázal veškeré styky s Evropany s výjimkou významně omezených kontaktů s protestantskými nizozemskými obchodníky na umělém ostrůvku Dedžima (také Dešima) u Nagasaki. Čínským lodím bylo nadále povoleno vjíždět do Nagasaki a korejští vyslanci měli přístup do hlavního města. Tato izolace trvala 251 let, dokud si komodor Matthew Perry nevynutil otevření japonských přístavů pro americké obchodníky v roce 1854 na Konferenci v Kanagawě. Následně došlo k podpisu obdobných smluv (Ansejské dohody) i s evropskými mocnostmi